BIOLOŠKE MEMBRANE

NOVO:
Na voljo je le še ena tema za seminarje. Prijavite se do konca februarja!

Izvedba predmeta
(5 kreditnih točk)

Predavanja: 30 ur, seminarske vaje: 15 ur
8. semester univerzitetnega študija biokemije.

Predavatelja

prof. dr. Igor Križaj (nosilec predmeta) in doc. dr. Marko Dolinar

Urnik
2007/08

Predavanja: vsak četrtek od 10:15 do 11:45  v seminarski sobi Odseka za biokemijo in mol. biologijo IJS (B220).
Seminarske vaje: vsak ponedeljek od 12:30 do 13:15  prav tam.

Govorilne ure

Igor Križaj: kadarkoli po predhodnem dogovoru po telefonu (01/477-3626) ali e-pošti. Njegova soba je na IJS: stavba B, soba 301.
Marko Dolinar: vsako sredo od 16.15h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 477-3765 ali e-pošti. Njegova soba je na IJS: stavba B, najvišje nadstropje, soba 408.

Cilji

Seznaniti študente s sestavo bioloških membran, njihovo vlogo v celicah in procesih, ki potekajo v/na membranah oziroma prenosu snovi in signalov skozi membrane. Spoznati metode za analizo membranskih komponent, predvsem lipidov in membranskih proteinov.

Seminarji

Teme seminarjev

Vsako razpisano seminarsko temo obdela 1 študent (izjemoma 2). Pripraviti je treba seminarsko nalogo v obsegu 10-15 strani (A4, pisava 12, robovi 3 cm) in temo predstaviti tudi ustno (2x15 min.). Smiselno je, da seminarje ali izvlečke razmnožite še za svoje kolege, saj bodo morali snov znati na izpitu.

Vaje se izvajajo kot seminarske vaje in bodo predvidoma zajemale pregled tekoče znanstvene periodike s področja membran in predstavitve posameznih raziskovalnih člankov, ki so izšli v zadnjem letu (ali dveh). Majski termini so rezervirani za predstavitve seminarskih nalog.

Ocenjevanje

Izpitna snov zajema vse teme predavanj in seminarjev.
Ocena priprave in predstavitve seminarja šteje kot ocena iz vaj.
Izpitna vprašanja pripravljava oba predavatelja ločeno in jih tudi ločeno popravljava, točke pa se seštejejo. Vprašanja so delno za obkrožanje (1 ali več) pravilnih odgovorov, delno pa vpisovanje odgovorov - običajno zadošča nekaj stavkov.

Študijska literatura

Enega samega učbenika za to področje ni, zato si bo treba pomagati s poglavji iz različnih bolj splošnih učbenikov in s članki iz literature.
Podatki o literaturi so navedeni ob temah v razporedu predavanj. Literaturo za seminarje izberejo študenti samostojno.
1) J.M.Berg, J.L.Tymoczko, L. Stryer: Biochemistry (W.H.Freeman), 5. izdaja, 2002; 1050 str.
2) D. Voet, J. G. Voet: Biochemistry (Wiley), 3. izdaja, 2004; 1591 str.
3) H. Lodish et al.: Molecular cell biology, 4. izdaja, W.H. Freeman and Company, New York, 2000.

Ostalo

Koristne povezave

 

Teme po datumih v štud. letu 2007/08 (predviden razpored predavanj):

datum

tema

predavatelj

študijski viri

14.2.


Struktura in dinamika bioloških membran

Dolinar

Stryer: 12. poglavje 
Voet: 12. poglavje

21.2.

Čiščenje celic in njihovih delov

Dolinar

Lodish, pp. 152-157

28.2.

Transport skozi biološke membrane: difuzija, transporterji

Dolinar

Lodish, pp. 578-588

6.3.

Aktivni transport skozi biološke membrane 

Križaj

 Lodish, pp. 588-608
Nishi & Forac: Nature Rev. Mol. Cell Biol. 3, 94-103 (2002)

13.3.

Struktura lipidnih mikrodomen

Križaj

 več strokovnih člankov

20.3.

 Funkcija lipidnih mikrodomen Križaj več strokovnih člankov

27.3.

Medcelična signalizacija – 1. del
(hormoni in receptorji)

 Dolinar   

Lodish, pp. 848-878
več strokovnih člankov

3.4.

Medcelična signalizacija – 2. del
(prenos živčnega signala, ukrivljanje in zlivanje membran)

Križaj
Lodish, pp. 911-967
Alberts, pp. 631-657
več strokovnih člankov

10.4.

Povezovanje celic v tkiva
Dolinar 

Lodish, pp. 968-1002

Yamada & Kemler (2002) Curr. Opin. Cell Biol. 14 (5)

17.4.

Encimi, ki delujejo na membranah in na membrane (medfazna encimatika). Fosfolipaze A2, struktura in mehanizem delovanja.

Križaj

24.4.

Lipidi in signalizacija

Dolinar

 Lodish, pp.  885-894
Voet, pogl. 19 (Fosfoinozitidi) in 25

8.5.

Toksini, ki delujejo na membranah in na membrane - porini: struktura in mehanizem delovanja

Križaj

15.5.

seminarja 5 + 6

Dolinar

22.5.

seminarja 8 + 9

Križaj
29.5.konzultacijeKrižaj, Dolinar

 

Seznam seminarskih tem:

št.

tema seminarja

seminar pripravi

datum predstavitve

1

Metabotropni ali z G-proteini sklopljeni receptorji:
mAChR, ß-adrenergični R, nevropeptidni R, mGluR, …

Oblak, Vogrin 7.4.

2

Encimsko-sklopljeni receptorji:
Tyr-kinazni receptorji (R za rastne hormone – EGF, PDGF; insulinski), NOR, atrijski  natriuretični faktor R-ANFR, …

Butinar, Oberčkal 21.4.

3

 Presledkovni stiki Blatnik, Rojko 5.5.
4

Modifikacije proteinov z lipidi - način in fiziološka vloga

 Juvančič, Rajković 12.5.
5
 Transport proteinov v in iz mitohondrija Ondračka, Somrak
 15.5.

6

Transport proteinov v in iz jedra

 Mužerlin, Novak 15.5.

7

Ionotropni ali z ligandi uravnavani ionski kanali:
IP3R, RyR, nAChR, GlyR, GABAAR, iGluR (NMDA, AMPA in kainatni R)

 Cimermančič, Zafred 19.5.
8 Napetostno-odvisni ionski kanali: Na+, K+, Ca2+ kanali Lenarčič, Merzdovnik 22.5.
9 Penetracija proteinskih toksinov v celični citosol (antraks, difteria, klostridium, ricin, šiga, kolera, pertusis …) Buček, Miklavžin 22.5.
10 Toksični ionski kanali iz Alzheimerjevih peptidov [začetni vir: TIBS 2008] Slak 26.5.

seminarje pripravita po dva študenta, razen teme 10, ki jo pripravi samo en študent

SEMINARSKE VAJE - ponedeljkovi termini (teme niso dokončne)
termin
 tema
11.2.
 uvod
18.2.
 razumevanje povzetka / vaja
25.2.
 biosinteza membran pri bakterijah
3.3.
 tema po dogovoru
10.3.
 pomembni članki s področja biomembran v letih 2006 in 2007 -- zgradba adrenergičnega receptorja (2007)
17.3.
 razumevanje metod / vaja
24.3. (praznik - odpade)
31.3.
 delo po članku po skupinah
7.4.
 predstavitev seminarja - tema 1
14.4.
 rastlinske celične stene
21.4.
 predstavitev seminarjev - tema 2
28.4.
 (prazniki - odpade)
5.5.
 predstavitev seminarjev - tema 3
12.5.
 predstavitev seminarjev - tema 4
19.5.
 predstavitev seminarja - tema 7 
26.5.predstavitev seminarja - tema 10

==================

Koristne povezave:

Zadnja sprememba: 18. 2. 2008 – spremembe datumov predavanj in seminarjev.